蓬莱阁的天后宫是我国北方最大的天后宫庙宇之一。
门上镌刻着两幅楹联“慧眼千帆保驾护航有求必应，慈心四海消灾免难是祷皆灵。”“丹崖留圣迹慈母婆心垂宇宙，仙山显神灵浩然正气贯乾坤。”这两幅楹联一幅反映了妈祖恩德浩荡，普施人间造福百姓的杰出功绩，另一幅则反映了百姓祈求妈祖赐福报平安的美好愿望。
正殿主要供奉的就是天后，再塑金身。在我国天后神像主要有黑色、红色、金色三种不同面色。民间通常认为红面妈祖显示她的亲切慈祥，黑面妈祖显示她的正直刚烈，而金面妈祖则代表了其得道之身。蓬莱阁自古以来，道教盛行，因而将妈祖塑为金身。正殿门上的匾额是“道德神仙”。
妈祖是海峡两岸人民虔诚信奉的海神，北方人称她是海神娘娘。在她的家乡福建莆田一带，人们亲昵地称她为“妈祖”，因此许多地方奉祀她的宫庙叫“妈祖宫”。天后姓林，名默，福建莆田湄州湾贤良港人。生于北宋建隆元年（公元９６０年）三月二十三，卒于雍熙四年（公元９８７年）九月初九，时年２８岁，终身未嫁。林默的父亲林维悫宋朝初期曾担任福建莆田的巡检，母亲王氏，共生了一男六女，林默最小。传说林默出生的时候，红光满室，异气飘香，林默生下来以后，直到满月都不哭不笑，默默无声。所以她的父亲给她起名为“默”。据《福建通志》记载：林默８岁随老师读书，１０余岁喜欢诵经礼佛，并受到老道士玄通的点化，能驱邪救世。传说，有一年村中发生疫病，死了很多人。默娘指出病源在村中水井里，后来人们果然在井中掏出致病的死鼠，因此民间称她是“灵女”。她还常乘席飘行海上，救助海上遇险船舶，人们又称她为“龙女”。
传说林默自幼有个怪习惯，每逢海上狂风大作，她便在家中闭目昏睡，醒来后人们问她，他便说到海上搭救遇难的渔民了，但是听得人都笑她痴狂。后来有一天他的父亲和哥哥出海打鱼，途中遇到大风浪，情况十分危急。这时林默正在家中昏睡，样子突然变的十分吓人，双拳紧握，牙关紧咬，浑身大汗淋漓，他的母亲见了以为女儿被病魔缠身，便轻拍女儿，将她叫醒。林默醒来后痛哭不已对母亲说：“我刚才在海上搭救遇难的父亲和哥哥，左手扯父，右手拉兄，您这么一拍，我右手一松，哥哥就从我手中脱落，掉到海里遇难了。她的母亲以为女儿在说梦话，并没有在意，可是第二天果然见她的父亲独自归来，证实了林默的说法，从此林默一病不起，不久便去世了。但后来人们都说：“人行善事，死后为神”，认为她是升天为神了，是专门到海上搭救遇险的船只去了。而且当时还盛行“五行阴阳”之说，人们认为天属阳，地属阴，海在地上也属阴，而男居阳，女居阴，最大的海神应该是女性，因此更加尊崇林默。
林默死后，历代疆吏大臣奏请皇帝褒封，他们往往故神其说，说她能祷雨防旱，拯救饥潦；又能降伏妖魔，消灾灭疫；还能协助漕运，助战破寇；并能在狂风怒涛中指引海舟，化险为夷，是位法力无边的女神。所以她死后不久，奉祀她的宫庙就应运而生，皇帝赐的封号步步升级。从宋到清的七八百年间，历代帝王对妈祖的册封多达四十一次，御祭亦数十次，封号从“夫人”、“天妃”、“天后”到“天上圣母”。如果把历代帝皇帝的加封的文字全部加到一起可多达600余字。这在中国的神仙封号中也是绝无仅有的。
林默去世后所兴起的妈祖信仰最初仅限于她的出生地福建莆田及泉州等沿海地区。自宋宣和五年（1123）年宋徽宗赐其庙额为“顺济”。绍兴二十三年（1156）宋高宗封其为“灵惠夫人”之后，林默的名声事迹由福建传遍全国。使其逐渐成为家喻户晓的航海守护神。
登州港作为东方门户、北方重要的海上交通枢纽，与福建的海上贸易较多，因此也将妈祖的朝拜信仰传到这里。建成于北宋宣和四年（1122）年的蓬莱阁天后宫比全国三大妈祖庙之一的天津天后行宫还要早104年，是我国北方最早的天后庙宇。
{从宋宣和四年（公元１１２２年）首次封为“顺济夫人”开始，至清道光十九年（公元１８３９年）封为“天上圣母”止，历代帝王共褒封了四十一次，御祭亦数十次。宋代多次封为夫人和妃爵，成为人间宫廷女官的神化名位。元代为了当时南粮北调漕运的需要，五次封褒为天妃，以天上的官职来绥靖四海。到了明代，出使频繁，屡下西洋，而且为抵御海上外来入侵，在沿海有庞大军队设防，随时在海上出击。为绥靖海面，保证航海安全，同样以天妃作为海上保护神屡屡加封。清朝廷为了统一江山，镇压农民起义，对林默的褒封达到了高峰。康熙、乾隆封“天后”，道光封“天上圣母”，嘉庆封号达３０个字：“护国庇民妙灵昭应弘仁普济福佑群生诚感咸孚显神赞顺垂慈笃佑天后”。}
天后身边站的是四名侍女，东西两侧有八名站官，其中有四位海龙王。东边的四位有两个海龙王、两名文官，一名文官手持圣旨，下达天帝旨意。另一位手持万法归宗，如果海中的鱼鳖虾蟹兴风作浪，他都记到这上面，属于哪个海的，就交给哪个海龙王处置。西侧也有两个海龙王，两名文官，一名文官手持环海司命，为海神娘娘发布命令。另一位手持印盒，管理行文盖章。
蓬莱阁的天后宫与全国各地天后宫的陪神相比，极为特殊，由四海龙王为天后当站官。这是为什么呢？主要有这样几个原因：一是天后宫的陪神是随各地不同的故事定出来的，但总的原则是这些陪神都是由各地不同的水神充当。二是北宋以前海神是龙王，但由于他面目狰狞古怪，又喜怒无常，常在海中兴风作浪，使渔家和航海家畏惧反感，从而失去了人们对他的信仰。三是北宋宣和四年（公元１１２２年），皇帝派大臣路允迪出使高丽，临行前曾降御香向东海龙王做了祈祷，但在海中遇到大风，情况十分危急，危难中恍然见到救他生命的是桅杆上端坐的一位朱衣女神而不是海龙王。回朝奏明圣上，首次封天后为“顺济夫人”，并赠匾建庙。蓬莱阁天后宫道光年间的碑记载：“宋徽宗时，建天后圣母庙，乃于阁西营建焉，时在宣和四年，计建庙４８间……”宋代中后期海神娘娘是以妃爵代替了龙王的神性，成为专司海上交通安全的保护神了。四是元代以后，历代朝廷晋封海神娘娘为天妃、天后、天上圣母，便可以天上的官职来控制茫茫大海中的一切神怪妖气，她的活动范围远远超越了四海龙王所管辖的区域，所以四海龙王要听她的调遣，为她站班；五、在妈祖故乡莆田，有《天妃降龙》的剧本，是当地人们为歌颂天妃所演的地方戏剧，说的是天妃降伏东海龙王的故事。这就是四海龙王为什么成了天后站官的几个原因。
后殿是天后的卧室。门上的匾额“福赐丹崖”四个字是我国著名书法家费新我先生题写的，意为天后娘娘把福气赐给每一位来到丹崖山上的人。东西两间设有天后床铺。并且在东西隔扇上分别透雕“玉兰青竹”、“苍松牡丹”和“梅花石榴”、“桃子幽兰”图案，其他吉祥、喜庆的图案在阁内也是随处可见，如“佛手如意”、“喜鹊登枝”、“松鹤延年”、“大象驼瓶”、“福满四方”等。采用透雕、浮雕、阴刻、阳刻、彩绘等多种技法。
    另外，在这个寝宫的院落里，有一个极特别的地方，那就是在东西厢房的屋檐下藏着四句诗。大家感兴趣的话不妨找找看。这是清朝乾隆时登州知府陈葆光写的一首诗：“直上蓬莱阁，人间第一楼。云山千里目，海岛四时秋。”想那古代，承建者在那砖坯上一一雕刻，而后入窑烧制成砖，再运到这里分别砌于四处檐下，两两相对，文序不乱，其独特之匠心，由此可见一斑。
（随着妈祖信仰的不断传播和发展，逐渐形成了一种文化，即妈祖文化。如果说男性神仙是以力量和权力万而赢得人们敬佩的话，那么女性神仙则是以更温柔、更体贴、更美丽、更富有人情味儿征服了广大善男信女。妈祖是独具人格魅力的海上守护神。她既有温柔善良的一面，又有英勇、果断的一面。她是以至善至美之心对待船工、渔民，因此受到广大百姓的尊崇。
妈祖文化与当今世界和平和发展两大主题有着密切联系。与社会长治久安、国富民强有着同一渊源。所以妈祖文化已经成为传承人类文明、推动社会进步的世界性文化。由于登州是我国北方第一大港，而妈祖文化是通过海路在登州登陆的。登州因此成为北方妈祖文化的传播中心。妈祖文化以登州为根据地，沿海上交通线，经历了渤海海峡进入东北和华北北部，再沿朝鲜半岛进入朝鲜和日本等东亚国家，最终北上穿越白令海峡到达北美洲。）
据不完全统计，目前全球供奉妈祖的庙宇多达四千余座，信仰妈祖的信徒多达2亿人。
妈祖不仅是中华民族的航海保护神，更重要的是妈祖信仰已经成为海外华人民族认同的精神力量。表现出了中华民族炎黄子孙特有的凝聚力和向心力。已经有相当多的海外华人把妈祖视为祖国母亲的具体化身。在妈祖信仰中寄托了他们对祖国母亲浓厚的民族亲情。因此妈祖被称为“海峡和平女神”。