弥陀寺始建于唐代，是蓬莱阁景区内唯一的佛教寺庙。据考证，这里曾是香火极盛的佛教传播基地。但是到了唐武宗时，武宗李炎发动了禁佛运动。（佛教历史上共发生过四次法难，即灭佛。唐武宗鉴于佛教盛行造成建寺庙占耕地过多，出家当和尚和尼姑的人也越来越多，严重影响了国家赋役来源，与国家利益发生尖锐冲突，于是发动禁佛。这次法难称“会昌法难”，时间不长，因为武宗在位一共才六年。）他勒令在全国范围内拆毁佛教大寺近五千座，拆除小寺四万多座，还俗佛教徒26万多人，使佛教受到严重打击。弥陀寺也未能幸免，虽然没有遭到拆除之灾，也一度僧尼还俗，门庭冷落。（历史上“三武一宗”灭佛：北魏太武帝，北周武帝，唐代武宗和五代后周世宗）
明朝万历十一年（1583年），佛教名僧憨山德清（明末四大禅僧之一）来山东崂山传教，他儒、释、道三教合一的思想在崂山以及胶东地区的佛教界影响很深，使弥陀寺得到了复兴。2000年，我们对弥陀寺再次进行了保护性的修缮，并于2001年1月20号邀请浙江大佛寺传十法师主持开光仪式。开光当日恰逢阴天，但是到了开光的那一刻，天空突然放晴了，这种奇异的现象令在场地游人惊叹不已。所以长期以来这里的香火一直非常的旺盛。
弥陀，是号称西方三圣之一的阿弥陀佛的简称（西方三圣指的是阿弥陀佛、观世音、大势至）。弥陀寺，是供奉阿弥陀佛的寺庙。